В антивирусе есть возможность сканирования в [URL=http://help.eset.com/ess/10/ru-RU/index.html?idh_safemode.htm]безопасном режиме[/URL].
или сканировать при помощи: [URL=http://forum.esetnod32.ru/forum9/topic1966/]Live СD от ESET_rescue_linux[/URL]
тогда проблем с доступом к системным файлам не будет.
------
С опасными файлами нужно работать в виртуальной среде: Sandboxie и т.д.
Создавать предварительно снимки системы спец. утилитами.
Рекомендую: [URL=http://pchelpforum.ru/f26/t141222/]к прочтению.[/URL]