Что, эти антивирусы сканируют лишь один поток запускаемого процесса? Тогда надо писать антивирусы, работающие с учетом всех ядер проца.
Или исходный вирусный код разбивается на блоки, которые сами по себе угрозы не представляют, а вот соединившись становятся руткитом? Тогда необходимо, чтобы антивирус сканировал все процессы оперативной памяти несколько раз через некоторые интервалы.
Но вообще, я давно сторонник программ типа песочниц (вроде, Sandboxie и Returnil Virtual System) или что еще лучше таких, как Shadow Defender или ShadowUser. Кажется, они при растущем уровне угроз и просто неконтролируемом росте неизвестных вирусов и т.п. становятся универсальным механизмом защиты от разнообразных угроз.