У каждой программы есть свои так называемые "дыры", через которые возможен тот или иной доступ к данным, системе и т.п.
Adobe Acrobat Reader и Adobe Flash Player имеют свои модули для работы с браузерами, что создает дополнительные уязвимости для системы. Многие специалисты регулярно находят уязвимости в системе безопасности для ПО от Adobe, да и есть специальные модификации вирусов для эксплуатации этих дыр. В частности, именно поэтому Adobe также регулярно выпускает обновления, в которых некоторые уязвимости и исправляются.
И кстати, именно из-за таких уязвимостей в последнее время пошли разговоры о необходимости заменить формат PDF (автором которого является как раз Adobe) чем-то новым, из-за наличия уязвимостей в самом формате.