вирусные записи\компоненты останутся в карантине, программа удалит все свои записи в том числе и карантин.
Если карантин по какой то причине не удалится - всё равно файлы в нём не представляют опасности.
Антивирусы такие файлы шифруют, или меняют расширение файла.