еще вариант такой:
сделайте лог uVS
http://forum.esetnod32.ru/forum9/topic683/
попробуем удалить драйвера от КИС скриптом в нормальном или безопасном режиме.

[QUOTE]melchior пишет:
Ясно.     Просто интресно в чём проблема и в следствии чего она произошла??
Чтобы в следующем можно было её избежать.
Спасибо за помощь.[/QUOTE]
Видимо, проблема с веткой реестра HKEY_CLASSES_ROOT,
чтобы ее избежать, храните копию реестра, в данном случае, например, данной ветки реестра.
Также, желательно иметь под рукой загрузочный диск, например ERD commander 2005 для внесения исправлений в реестр неактивной системы.

[QUOTE]melchior пишет:
При попытке запустить cmd файл любыми способами выдётся таже ошибка, но через доп. меню вшитого в винду твикера удалось запустить само приложение start.exe.
[/QUOTE]
сам cmd.exe через Пуск - выполнить запускается? есть да, то проверьте выполнение команды ASSOC.

[QUOTE]Просмотр и изменение сопоставлений файлов.

ASSOC [.рсш[=[типФайла]]]

 .рсш      Расширение имени файла, сопоставляемое типу файлов
 типФайла  Тип файлов, сопоставляемый расширению имени файлов

Команда ASSOC без параметров выводит список сопоставлений типов файлов.
Если указано только расширение имени файла, выводится сопоставленный тип
файлов для расширения.  Если после знака равенства не указан тип файлов,
команда удалит текущее сопоставление для указанного расширения.
[/QUOTE]

файл nod32.lic обычно высылают в почте, упакованный в архиве nod32.zip.
возможно, архив поврежден при пересылке почты, или файл распаковался неправильно, или вы не распаковали совсем файл лицензии и добавляете его через интерфейс ESET NOD32 Business Edition.

[QUOTE]Алексей пишет:
Подобного функционала пока что нет.[/QUOTE]
да, неплохо было поставить такой банер (от Eset) для посетителей на рабочий сайт.

сделайте лог EsetInspector, чтобы получше рассмотреть файлы, подозрительные на руткит.
http://forum.esetnod32.ru/forum9/topic54/

[QUOTE]Александр пишет:
Новый лог. После выполнения первого скрипта все нормально,
Просто идет выполнение и машина в конце самостоятельно пускает
систему на перезагрузку.[/QUOTE]
так и должно было быть, потому что в конце скрипта стоит restart - перезагрузка системы.

сделайте дополнительно новый лог uVS
+ краткий комментарий состояния системы после выполнения первого скрипта.

читаем документацию по ESS версии 4
http://download.eset.com/manuals/ESET_ESS4_User_Guide_RUS.pdf
или по ESS версии 3
http://www.esetnod32.ru/download-files/manual/ESET_ESS_UG.pdf
в части, что касается выбора интерактивного режима,
установите данный (ИНТЕРАКТИВНЫЙ) режим, дальше будет понятнее.

установите режим работы фаерволла - интерактивный, запустите вашу программу, разрешите обмен с сетью для данной программы, сохраните правила. Так же можно в настройках отключить фильтрация трафика для данного приложения, если нужен комфорт, а не безопасность.