да, сканирование с очисткой. чистые файл антивир не удалит.
то что скрыто, можно восстановить изменением атрибутов файлов.

в uVS выполните режим
Дополнительно - [B]сбросить атрибуты для всех файлов/каталог в...
,[/B]

система скорее всего чистая, а вот флэшку надо пролечить сканированием с очисткой

удалите найденное в мбам, за исключением

[QUOTE]Обнаруженные процессы в памяти: 1
C:\Windows\kmsem\KMService.exe (Trojan.FakeAlert) -> 2212 -> Действие не было предпринято.

Обнаруженные файлы:  8
C:\Windows\kmsem\KMService.exe (Trojan.FakeAlert) -> Действие не было предпринято.[/QUOTE]

далее,

если проблема решена,

выполните рекомендации
http://forum.esetnod32.ru/forum9/topic3998/

выполняем скрипт в uVS:
- скопировать содержимое кода в буфер обмена;
- стартуем uVS(start.exe), далее выбираем: текущий пользователь, меню - скрипты - выполнить скрипт из буфера обмена;
- закрываем все браузеры перед выполнением скрипта;
[code]

;uVS v3.81.3 [http://dsrt.dyndns.org]
;Target OS: NTv6.1

OFFSGNSAVE
addsgn A7679B19919AF4D64695AE59AC35ECFA4F8A946AC2BB1F106D8F84BC38CA­3C0D23AE83197F55273D65C18427CA5808FA95489D8DAA3202C7D388A42F­38F9DD8C 8 popup

zoo %SystemDrive%\USERS\АЛЕКСЕЙ\APPDATA\ROAMING\DIGITALSITE\UPDA­TEPROC\UPDATETASK.EXE
hide %SystemDrive%\PROGRAM FILES\INTEL\WIMAX\BIN\WIMAXCU.EXE
;------------------------autoscript---------------------------

chklst
delvir

deltmp
delnfr
;-------------------------------------------------------------

restart
[/code]
перезагрузка, пишем о старых и новых проблемах.
------------
далее,
сделайте дополнительно быструю проверку системы в малваребайт
http://forum.esetnod32.ru/forum9/topic682/

выполняем скрипт в uVS:
- скопировать содержимое кода в буфер обмена;
- стартуем uVS(start.exe), далее выбираем: текущий пользователь, меню - скрипты - выполнить скрипт из буфера обмена;
- закрываем все браузеры перед выполнением скрипта;
[code]

;uVS v3.81.3 [http://dsrt.dyndns.org]
;Target OS: NTv5.1

OFFSGNSAVE
zoo %SystemDrive%\PROGRAM FILES\AUTODESK\CONTENT SERVICE\LUCENE.NET.DLL
addsgn 0DC977BA557B4C720BD4AEB164C81205258AFCF689FA1F7885C3C5BC50D6­714C2317C3573E559D492B80849F461649FA7DDFE87255DAB02C2D77A42F­C7062273 64 Adware.Webalta.11 [DrWeb]

addsgn A6B411A7559ADC005A6CCEE124C899CDAE5A770402CCA724D683C5ECD3FA­550C9B0793173EAA8D62DB17EC9F471649A37216C38327FEE775AEB698A5­CEBD4273 8 zbot

zoo %SystemDrive%\DOCUMENTS AND SETTINGS\DANIK\APPLICATION DATA\YVIKP\DIUK.EXE
addsgn A7679B1928664D075B5FEBB9C78C50053562B6FB89FA10CE4D460CC8603E­5FB9DCE82B1E3E559DA13F8B849F49A0997FAFAAE49ACD294FD3A6BF4CEE­34F9DD9B 64 Win32/Toolbar.SearchSuite.

zoo %SystemDrive%\PROGRAM FILES\MOVIES TOOLBAR\DATAMNGR\MGRLDR.DLL
;------------------------autoscript---------------------------

chklst
delvir

delref HTTP://WWW.SEARCH.ASK.COM/?O=APN10645A&GCT=HP&D=406-362&V=N9396-119&T=4

deltmp
delnfr
;-------------------------------------------------------------

czoo
restart
[/code]
перезагрузка, пишем о старых и новых проблемах.
архив из каталога uVS (по формату: ZOO_2012-12-31_23-59-59.rar/7z)  отправить в почту [email protected], [email protected]  
------------
далее,
сделайте дополнительно быструю проверку системы в малваребайт
http://forum.esetnod32.ru/forum9/topic682/

ссылку удалите на вредоносную программу,
и добавьте образ автозапуска
http://forum.esetnod32.ru/forum9/topic2687/

обновите все такие ERa до версии 3.1.15 и обновите один из клиентов до версии 4.2.76 или 4.0.474
и проверьте на нем задачу изменения конфигурации. Если все будет ок, то будет стимул обновить все клиенты.
-------
замечу что на слабые машины лучше все таки ставить 4.0.474

выполняем скрипт в uVS:
- скопировать содержимое кода в буфер обмена;
- стартуем uVS(start.exe), далее выбираем: текущий пользователь, меню - скрипты - выполнить скрипт из буфера обмена;
- закрываем все браузеры перед выполнением скрипта;
[code]

;uVS v3.81.3 [http://dsrt.dyndns.org]
;Target OS: NTv6.1

OFFSGNSAVE
zoo %SystemDrive%\USERS\DIZEL\APPDATA\ROAMING\DSITE\UPDATEPROC\U­PDATETASK.EXE
addsgn A7679B19919AF4663F95AE5978DFEDFA4F8A945ABBBB1F10DDF084BC385A­420D23AE73637F5527AD1FC18427BA2208FA9558688DAA32F229D288A42F­38F9DD8C 9 Adware.Downware.1195 [DrWeb]

zoo D:\PROGS\TORRENTSTREAM_2.0.8.2.EXE
addsgn 7300F79B556A1F275DE775E6ED94361DE2CED8E6E96B5F78B63503F874C2­51B33627B3173E3D9CC92B807B8AF66609FA2E20FD0E279AB04625D49C10­8506CA82 59 Adware.Shopper.361 [DrWeb]

zoo D:\PROGS\SAMSUNG_USB_DRIVER_FOR_MOBILE_PHONES.EXE
delall %SystemDrive%\PROGRAMDATA\VKSAVER\VKSAVER.EXE
hide D:\PROGS\SAMSUNG_USB_DRIVER_FOR_MOBILE_PHONES.EXE
hide D:\PROGS\TORRENTSTREAM_2.0.8.2.EXE
;------------------------autoscript---------------------------

chklst
delvir

delref %SystemDrive%\PROGRAMDATA\VKSAVER\VKSAVER3.DLL

delref %SystemDrive%\VKONTAKTEDJ\VKONTAKTEDJ.EXE

delref HTTP://SEARCH.BABYLON.COM/?BABSRC=HP_SS_DIN2G&MNTRID=88DE3085A9B29E28&AFFID=44444&TSP=4­926

deltmp
delnfr
;-------------------------------------------------------------

restart
[/code]
перезагрузка, пишем о старых и новых проблемах.
------------
далее,
сделайте дополнительно быструю проверку системы в малваребайт
http://forum.esetnod32.ru/forum9/topic682/

что значит скинуть?
создайте в ERA нужную вам конфигурацию, и запустите (через ERA) задачу изменения конфигурации на ваших клиентах

ERA можно обновить до 3.1.15, а клиенты тем более надо обновить до 4.2.76.
-----------
возможно в старой версии и были ошибки, давно это уже было.
уже ERA 5 поколения. 5.0.511.