[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Advanced]
"Hidden"=dword:00000001
"HideFileExt"=dword:00000000
"ShowSuperHidden"=dword:00000001
Также вирус может изменить ключ "CheckedValue" в ветке
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Advanced\Folder\Hidden\SHOWALL]
"CheckedValue"=dword:00000001
===
восстановить указанные значения параметров реестра.