далее, проблема. затронута таблица разделов или нет.
если нет (не затронута), тогда можно перезаписать mbr (без перезаписи таблицы разделов) из того же bootice и пробовать создать образ автозапуска из под winpe&uVS (не перегружая систему в нормальный режим), иначе возможно повторное заражение, если есть какой-то инфектор в автозапуске.