Узнал в ТП, что загружать отдельную конфигурацию для каждого пользователя невозможно, конфиг общий для всех на ПК.

Но тут вот возник ещё один вопрос - а можно ли научить нод отличать флешки, т.е. разрешить подключение только одной (с электронной подписью), все же остальные посылать лесом?

Конфигурацию можно применять в отдельности для каждого клиента.
К сожалению нельзя, антивирус блокируют контроллер и ему всё равно какое устройство на нём висит.