2) загрузиться с LiveCD, почистить систему, заменить инфицированные файлы оригинальными;
3) переустановить систему.
В каждом из вариантов советую в конце загрузиться с помощью LiveCD и проверить папки System Volume Information на каждом диске.
Вообще, мой совет впредь: отключить Восстановление системы на всех дисках, кроме системного, и поставить программу типа WinPatrol.