1) Разница между политикой и файлом конфигурации не в приоритетах, а в том, что файл конфигурации применяется один раз, а политика при каждом подключении клиента к серверу. Политика перезаписывает конфигурацию, файл конфигурации перезаписывает конфигурацию, присвоенную политикой, но только до следующего подключения клиента к ERAS.
2) Что значит не совсем понятно..

допустим у меня один клиент с версией программы 4.0.474, второй с версией 4.2.40 и третий с версией 4.2.64 . так вот хотелось бы настроить обновления так, чтобы клиенты не только обновляли вирусную базу, а еще и обновляли саму программу до более новой версии.

Для перехода с версии 4.0 на 4.2 необходимо выбрать клиента - далее удалённая установка - обновить клиент.

А почему не обновляются клиенты до версии 4.2.64 у которых сейчас версия 4.2.40?

К сожалению, проделать это не получится. Для обновления на более новый build должно выйти специальное обновление, позволяющее принудительно обновиться до него, как было, например, с версией 3.0. Судя по всему для Вашей версии в настоящий момент такой возможности не имеется.

Прочитал в мануале все, что касается удаленной установки... Но так и не понял в чем проблема при удаленной установке. Выбираю клиента(тестирую все на своем компьютере), запускаю диагностику... когда просит ввести логин пароль ввожу свой, так как на компьютере моя учетка в группе администраторы. и в результате получаю ответ... см. скриншот. в сети домена нету. Работаем в рабочей группе. Помогите разобраться пожалуйста.

1) Вам нужно вводить логин и пароль учётной записи компьютера, на который Вы производите удалённую установку.

2) Код ошибки GLE 1326. Введено неправильное имя пользователя учетной записи администратора (либо оно не вводилось вообще).

В последних версиях ОС Microsoft Windows (Windows Vista, Windows Server 2008 и Windows 7)используются политики безопасности, ограничивающие разрешения учетной записи локального
пользователя, то есть пользователь может быть не в состоянии выполнять определенные действия с сетью. Если служба ERA работает в учетной записи локального пользователя, в некоторых конфигурациях сети могут возникнуть проблемы с запуском установки (например, при удаленной установке из домена в рабочей группе). В системах Windows Vista, Windows Server 2008 или Windows 7 рекомендуется запускать службу ERA с достаточными разрешениями доступа к сети. В сценарии расширенной установки можно указать учетную запись, от имени которой должна выполняться служба ЭРА.