Добрый день!
1. Хотел узнать, если специфичные настройки АВ для терминального сервера(ТС)? То есть настройки АВ рабочих машин должен отличится от серверных? Или тут много чего не выигрываю?
2. Как настроить так, чтобы пользователи не запускали сканирование на ТС?

можно отключить фильтрацию протоколов, оптимизировать время обновление, отключить лишние задачи из планировщика.
---
в версии 4.3 для файловых серверов Windows (сейчас в стадии beta) есть много полезных исключений из проверки, + есть возможность вообще отключить GUI для пользовательских учетных записей, исключая администратора.
http://forum.esetnod32.ru/forum10/topic1294/