Установил ESET PROTECT Server и агента с антивирусом 9 версии. Через политики отключил Фильтрация протоколов, Система ESET LiveGrid®, Защита от фишинга, Защита доступа в Интернет. Убрал связанные уведомления Политика -  Интерфейс пользователя - Уведомления. И уведомлений нет, при открытии приложения на клиенте ошибок в интерфейсе антивируса нет, статус, что некоторые модули не запущены серые. Все ок.
Но в ESET PROTECT Server в списке компьютеров есть предупреждения (угрозы безопасности и уведомления), что эти модули не запущены. Как их убрать из статуса? Они намеренно выключены за ненадобностью.