желательно бы увидеть скриншот с данным сообщением.

еще, следует удалить все исполняемые файлы uVS, скорее всего тоже были заражены Sality при запуске, и восстановить их архива.

прикрутить диск к чистой машине, с хорошим антивирусом и свежими базами для сканирования и лечения - это лучшее решение, когда оно возможно. NOD32 2.7 хорошо пролечивает некоторые модификации Sality, а по скорости сканирования безусловно на порядки лучше Live.Cd,

если система нормально грузится, то можно сделать теперь новый лог uVS для контрольной проверки. И, кстати, укажите, если не сложно, вариант Sality, которым была заражена система.

файловое заражение - подозрение на Sality/Sector
съемные носители скорее всего тоже с парой autorun/Sality.
http://www.virustotal.com/file-scan/report.html?id=d1c9d38b2e89a08df345a2b24ac46d85c5887bccde937902f2a4edb99­d6a9259-1291833021

вам необходимо пролечить систему с помощью Live.Cd со свежими антивирусными базами.

Скриптами uVS здесь не поможешь.
Разве что для сбора карантина выполните данный скрипт в uVS - желательно запускать uVS с флэшки, и имейте ввиду, что на этой флэшке так же будет пара autorun.inf и исполняемый файл Sality.

проверьте систему в теме обнаружение вредоносного кода
здесь
http://forum.esetnod32.ru/forum6/
логи - по правилам.

v3.45
"Прибил кучку старых багов и добавил приятные мелочи."

o В контекстном меню файла доступна новая функция предназначенная для поиска по
хэшу файла на VirusTotal.com. (функция доступна в любом режиме в т.ч. и при работе с образом)

o Реализована подстановка пути до открытого образа при сохранении скрипта.
...
http://www.anti-malware.ru/forum/index.php?showtopic=11667&view=findpost&p=122329

смотря что (какие папки) вы сканируете. если Documents&Settings, то кол-во файлов могло увеличиться в папках Темп, и т.п., могли быть загружены другие процессы, которые влияют на текущую проиводительность

видимо, недолго осталось ждать -
http://www.eset.eu/press-2011/richard-marko-ceo

ESET NOD32 Antivirus 4 for Linux - Changelog
Version 4.0.63

   Fix: non-functional links in help on RedHat distribution
   Fix: cannot open GUI while protocol windows are opened
   Fix: cannot set the middle level of cleaning of found infiltrations
   Fix: notification windows displayed incorrectly
   Fix: added scan summary info when using context menu scan
   Fix: issues with „Default“ buttons
   Fix: missing help icons in settings windows
   Fix: issues with scheduled scan causing shutdown of GUI
   Fix: possibility to set the empty value or path in exclusions settings
   Fix: issues with buttons in some distributions
   Fix: issues with text indenting and individual objects within GUI
   Fix: issues with scan not starting even after specifying exact path to object of scanning
   Fix: issues with uninstallation and context menu options
   Added: technical support form
   Added: blocking of removable media (USB, CD/DVD, firewire)
   Added: checking of incorrect file path when submitting files for analysis
   Added: new scanning option: drag&drop files onto program desktop icon
   Added: default exclusions in ThreatSense.Net scanning settings
   Enhancement:  optimization of progress bar during on-demand scanning

можно использовать режим сверки активной и пассивной систем из под uVS. Первый образ uVS создается на зараженной системе, второй -  на пассивной, можно из под загрузочной флэшки или диска. Режим сверки должен обнаружить сокрытые_измененные файлы и записи реестра, а так же аномалии с mbr.