не посмотрел на размер)

Вопрос интересный.
Во-первых, вирус обычно внедряется в код HTML. Как он попал в SQL-базу непонятно, может, и ложное обнаружение, сверялись на VirusTotal?
Во-вторых, на практике у ESET для лечения ряда файловых вирусов есть специальные утилиты, их можно поискать на сайте. А вот чтобы сам нод не очищал, а именно лечил инфицированные файлы, я пару раз на практике видел, но это скорее исключение из правила. Когда-то давно было подобное заражение HTML-файлов, нод их помещал в карантин, хотя для их лечения достаточно было удалить из кода страниц некоторые вполне определенные участки.
В-третьих, если база инфицирована, то в ее код внедрены некоторые вирусные участки, если удастся эти участки задетектировать, то велика вероятность, что файл удастся вылечить. Может, конечно, в базу внедрены некоторые специальные записи, параметры или триггеры, но снова же их нужно вручную искать.
Такие дела.
P.S. Очень неплохо долгие годы файловые заражения лечил Dr.Web. Может, стоит попробовать воспользоваться их утилитой CureIt!.

Есть такие случаи.
Непонятно, то ли это PID процесса постоянно меняется, то ли разработчики чего-то намудрили.

Не знаю, что это такой за Ad Muncher и Ad Muncher ли это вовсе. Актуальная версия - 4.92, больше 15-20 метров не отъедает. Да и по принципам работы незачем ему больше.

Есть Ad Muncher (работающий со всевозможными браузерами) и некоторые другие подобные программы, и на этом, думаю, данный вопрос можно закрывать.
Качественный блокировщик не так-то легко реализовать, опыт Murray Hurps (компании-создателя Ad Muncher) это наглядно показывает.
А у ESET хватает и других вещей, которые необходимо реализовывать.

Разрешать все входящие соединения от System, как минимум, неосмотрительно. В то же время бывает и необходимость в их разрешении.
Так что пока лучше просто нажать "Запретить" без выставления галочек или, если соединений много, поставить галочку "Временно запомнить", а потом, если есть необходимость, создавать окончательное правило.

Значит, плохо пробовали: какие-то системы защиты еще были включены (например, работала система защиты доступа в интернет).
А, вообще, сделайте так, как RP55 RP55 говорит.

Понятно. В вашем случае просто нужно проделать много, в принципе, несложных действий, но с пониманием дела. А понять за раз вряд ли все получится.
Наверное, вам же кто-то до этого операционку ставил, поговорите с этим человеком.
Постарайтесь почитать литературу про установку Windows, работу с разделами жесткого диска, утилиты вроде Acronis Disk Director. Изучите принципы безопасной работы на компьютере (есть статьи на данном форуме), чтобы потом не допускать повторных ошибок.
В общем, чтобы чему-то научиться, нужно начать учиться)
Если же вам важно скорее все настроить, то необходимо обращаться в компьютерные сервисные центры. Или можно попытаться найти людей, которые согласятся вам помочь удаленно (например, с помощью программ типа TeamViewer или Radmin), но в этом случае нужно быть уверенным в честности этих людей, т.к. если на вашем компьютере находится закрытая информация, то нужно быть уверенным, что они не воспользуются ею.

Еще раз посоветовал бы создать дополнительные разделы, скопировать туда всю нужную информацию, и установить заново или Windows XP SP3, или более новые операционные системы, а потом уже снова инсталлировать необходимый софт, игры и т.п.
Т.к. все, о чем вы сейчас говорите, никакое отношение к ноду не имеет, а имеет прямое отношение к непониманию функционирования операционных систем и программ в них.

Да нет, тут какой-то другой конфликт. Нужно детально посмотреть на соединения без ESS и c ESS, найти разницу.
Кажется, имеет смысл сделать лог SysInspector и отправить запрос разработчикам.