Сам антивирус обновляется, но не обновляет файл update.ver. Когда я пытаюсь удалить его самостоятельно, он пишет что открыт пользователем system. Почему он вообще чем то занят и какое приложение может его использовать? Не буду же я каждый раз перезагружать сервер для обновления этого файла?

Можно поподробнее, как видите что файл не обновлен? При обновлении антивируса обновляется и сам файл.
Версия ОС? Версия антивируса?