Я думаю, что в любом случае нод может влиять на скорость скачивания, только сканируя в реальном времени трафик. Для того, чтобы отключить такое сканирование, нужно отключить Защиту в режиме реального времени, что, сами понимаете, нецелесообразно.
Все другие причины могут быть связаны с настройкой самого uTorrent, системы и т.д.