Запаролить флешку можно конечно но это не вариант. Есть несколько прог, которые помогут запретить запись или зашифровать данные
[URL=http://softobase.com/ru/bezopasnost/shifrovanie]TrueCrypt[/URL] или [URL=http://moiprogrammy.net/shifrovanie]Folder Lock[/URL]- это то что вам нужно.