Все доброго дня. Найдено решение для данной проблемы, но только если у вас имеются предыдущие версии файлов.
$dirVirusRoot = "C:\\Фонтанка"
$dirBackupRoot = "E:\\Строители\\Фонтанка"
$virusString = "[email protected]_RE819"
$showProcess = $True;

function ReplaceVirusFile ($name) {
   if ($name -ne "") {
       if ($showProcess) { echo $name }
       $goodFile = $name -replace ".$virusString", ""; $goodFile = $goodFile -replace $dirVirusRoot, "";
       Copy-Item $dirBackupRoot$goodFile $dirVirusRoot$goodFile 2> $null
       if ($?) {
           Remove-Item $name
       }
   }
}

ls -Recurse $dirVirusRoot | Where {$_.name -Match "$virusString*"} | % { ReplaceVirusFile $_.VersionInfo.FileName }